InDelFixer

La description

InDelFixer est un programme java pour supprimer le décalage de cadre provoquant des insertions ou des suppressions dans les données de séquençage de nouvelle génération. Dans certains cas, on sait que la protéine d'intérêt n'a pas de variantes avec des décalages de cadre. Ces décalages de cadre peuvent être corrigés avec un génome de référence donné (ou un alignement multiple dans une future version). Le programme accepte les fichiers au format Flow Gram standard, les fichiers FASTA/PacBio ccs et les données finales jumelées Illumina en tant que fichiers FASTQ.