MultiGeneBlast

La description

MultiGeneBlast est un outil open source basé sur un reformatage des en-têtes FASTA des entrées de protéines NCBI GenBank, à l'aide duquel il peut retrouver leur nucléotide source et leurs coordonnées. MultiGeneBlast peut aider à la détection de ces parties multigéniques pour les projets de biologie synthétique. Une bibliothèque synthétique d'opérons peut être créée sur la base de sa sortie pour identifier les opérons dont la fonction est la plus proche de celle souhaitée par l'utilisateur. Cet outil offre la possibilité d'identifier toutes les régions génomiques homologues en combinant les résultats d'exécutions BlastP uniques sur chaque gène et en triant les régions génomiques de n'importe quelle entrée GenBank en fonction du nombre de résultats, de la conservation de la synténie et du score cumulatif de bits Blast. Des recherches d'architecture peuvent être effectuées pour trouver toutes les régions génomiques avec des résultats Blast à n'importe quelle combinaison de séquences d'acides aminés spécifiée par l'utilisateur.