RightField

La description

RightField peut spécifier une plage de termes autorisés à partir d'une ontologie choisie (sous-classes, individus ou combinaisons) pour chaque champ d'annotation. La feuille de calcul qui en résulte présente ces termes aux utilisateurs sous la forme d'une simple liste déroulante. Cela réduit la barrière d'adoption pour l'utilisation d'ontologies communautaires car l'annotation est faite par le scientifique qui a généré les données plutôt que par un tiers, et l'annotation est collectée au moment de la collecte des données.

RightField est une application Java autonome qui utilise Apache-POI pour interagir avec les documents Microsoft. Il permet aux utilisateurs d'importer des feuilles de calcul Excel ou d'en générer de nouvelles à partir de zéro. Les ontologies peuvent être importées à partir de leurs systèmes de fichiers locaux ou à partir du référentiel d'ontologies BioPortal. Des cellules individuelles, ou des colonnes ou des lignes entières peuvent être marquées avec les plages requises de termes d'ontologie et une feuille de calcul individuelle peut être annotée avec des termes provenant de plusieurs ontologies.

Une fois balisée et enregistrée, la feuille de calcul compatible avec RightField contient des feuilles "cachées" avec des informations concernant les origines et les versions des ontologies utilisées dans l'annotation. Ces informations de provenance sont importantes en cas de futurs changements d'ontologie, qui peuvent rendre obsolètes les valeurs déjà choisies, ou peuvent ajouter des options plus fines et accélérer la ré-annotation. RightField est conçu comme un outil d'administrateur. Il complète les feuilles de calcul qui peuvent déjà être conformes à des modèles spécifiques pour normaliser davantage la terminologie.