FlexS

La description

FlexS prédit la conformation et l'orientation de l'un des ligands par rapport à l'autre. Dans FlexS, le ligand de référence est supposé être rigide, il doit donc être donné dans une conformation similaire à l'état lié. L'algorithme de superposition dans FlexS ne nécessite que peu d'intervention manuelle. Vous pouvez intégrer ces connaissances dans les calculs avec FlexS en effectuant manuellement des étapes individuelles. Ainsi, FlexS est conçu pour le travail interactif sur les paires de ligands ainsi que pour le criblage virtuel basé sur les ligands. Les deux principales applications de FlexS sont le super positionnement de ligands (par exemple pour CoMFA/QSAR) et le criblage virtuel. Si vous avez une protéine et une petite molécule qui s'y lie (appelée ligand de référence) mais aucune structure de la protéine, vous pouvez prendre la structure de référence comme une empreinte négative du site actif. FlexS détermine la similitude entre le test et la structure de référence en les alignant. Dans le criblage virtuel, vous disposez d'un ligand de référence et d'un ensemble de composés et vous souhaitez hiérarchiser les composés pour les tests expérimentaux.