POY

La description

POY est un programme d'analyse phylogénétique qui prend en charge plusieurs types de données (par exemple, morphologie, nucléotides, gènes et régions de gènes, chromosomes et génomes entiers). POY est particulier en ce qu'il peut effectuer un véritable alignement et une inférence phylogénique, c'est-à-dire que les séquences d'entrée n'ont pas besoin d'être préalignées. Les insertions, les suppressions et les réarrangements peuvent ensuite être inclus dans le score global de l'arbre sous Parcimonie maximale, ou dans le modèle sous Vraisemblance maximale. Une variété d'algorithmes heuristiques ont été développés à cet effet et sont implémentés dans POY.